Доц. Стефан Стефанов завършва висшето си образование по медицина в Медицинския факултет на МА, София през 1983 г. Придобива специалност по детски болести през 1992 г. и по детска ревматология през 1997 г. Специализира детска ревматология във Финландия, Германия и Италия, владее ставна ехография. От 1989 г. е последователно асистент, старши асистент, главен асистент в Детска ревматологична клиника, Катедра по педиатрия, МУ-София. От 2011 г. е доцент по педиатрия към Катедрата по педиатрия, МУ-София, а от 2016 г. е началник на Клиниката по ревматология, кардиология и хематология, СБАЛ по детски болести „Проф. д-р Иван Митев“ ЕАД, София.