Прескочи към главното съдържание на страницата

Архив


БРОЙ 4 2021

Циркулиращи нуклеозоми с посттранслационни модификации като епигенетични биомаркери при злокачествени солидни тумори

виж като PDF
Текст A
Т. Панайотова1, Р. Манев1, М. Манева1, Д. Стоянов1, М. Пенкова1, Н. Цонев1, М. Раданова2
1Клиника по медицинска онкология, УМБАЛ „Света Марина“, гр. Варна 2Катедра по биохимия, молекулна медицина и нутригеномика, МУ "Проф. д-р Параскев Стоянов", гр. Варна


Нуклеозомите са основната струк­турна единица на организиране (опаковане) на ДНК. Те представляват октамер от хистонови белтъци, око­ло които е навита ДНК верига. Нуклеозомните нива и посттранслационните модификации, на които подлежат хистоновите белтъци в състава им, могат да корелират с по-агресивното поведение на тумора, завишен риск от ранна прогресия или по-лош отговор към прилаганото лечение. Освобождаването на нук­ле­озомите в циркулацията позволя­ва детекцията им в серум или плазма, което ги прави изключително подходящи за използването им като пре­диктивни и прогностични биомаркери при злокачествени солидни тумори.

Въведение
Злокачествените заболявания пре­дизвикват смъртта на близо 8.2 млн. души годишно по целия свят, въпреки непрекъснатия напредък в диагностиката и лечението им[1]. В основата на развитието на солидните тумори стоят освен абнормни генетични също така и епигенетични изменения в ДНК, с доказана роля в клетъчната пролиферация, диференциация и поддържане на хомео­стазата. Епигенетичните изменения са наследствени, функционални и обратимо повлияват соматичната генна експресия, без да променят ДНК секвенцията. Те биват ДНК метилиране, хистонови модификации, ремоделиране на хроматина и регулацията, осъществявана от некодиращи РНК.

Хистоновите модификации са пост­транслационни модификации на хис­тоновите белтъци, влизащи в състава на нуклеозомата.

Нуклеозомата е основна структурна единица на хроматина. В нуклеозомата октамер от осем хистови белтъка (по два броя от Н2А, Н2В, Н3 и Н4) формира белтъчна сърцевина[2], около която е увита ДНК с приблизителна дължина 147 нуклеотидни двойки. Нуклеозомите са разделени една от друга с къси участъци свързваща ДНК (около 80 нуклеотидни двойки), към която е свързан хистон Н1 (Фиг. 1). Нуклеозомите се освобождават в циркулацията при процеса на клетъчна смърт.

За използването на нуклеозомите ка­то биомаркери е необходимо те да от­говарят на съответната дефиниция. Според Националния раков институт на САЩ (National Cancer Institute) определението за биомаркер е: биологична молекула, която се открива в кръв, други телесни течности или тъкани – белег за нормален или абнормен процес, състояние или заболяване[3]. Основна цел на всяко съвременно клинично проучване е идентификацията на нови молекули, които могат да бъдат прилагани като прогностични, предиктивни или диагностични биомаркери.

фигура 1:
Нуклеозомната структура

По този начин става възможно разпо­знаването на даден рисков пациентски профил и съставянето на оптимизиран терапевтичен алгоритъм, поз­во­ляващ своевременно включване на по-агресивен лекарствен режим, по-често и комплексно наблюдение. В други случаи, биомаркерите могат да имат предиктивна роля за отговор към даден медикамент и по-този начин стават основа за изграждането на строго индивидуализиран терапевтичен план.

Тази статия представя обобщен ан­ализ на натрупаните до момента данни за потенциалната роля на цир­кулиращите нуклеозоми като про­гностични и предиктивни биомар­ке­ри при злокачествени солидни ту­­мори[4]. В статията е отделено вни­мание и на методите за детекция на хистоновите посттранслационни модификации.

Циркулиращи нуклеозоми като биомаркери при злокачествени солидни тумори
Известно е, че нуклеозомите се освобождават в плазмата при процесите на клетъчна смърт[5]. Голяма част биват уловени и транспортирани от макрофагите във вид на олиго- и мононуклеозоми, съдържащи циркулираща свободна от клетки ДНК (cell-free DNA, cfDNA)[6,7].

Нуклеозомите са стабилни структури в циркулацията, с близо 7% редукция на съдържанието за всяка събрана проба в рамките на една година съхранение[8]. Скорошно про­учване секвенира cfDNA от плазма и доказва, че клетъчната архитектура, структура и експресия на нуклеозомите съответстват на тези на клетката, от която произлизат[9]. От­криването на завишени нуклеозомни нива при редица злокачествени заболявания се дължи на засилен клетъчен обмен[10], нарушено пречистване на макрофагите от транспортния товар, клетъчна смърт – резултат от цитотоксична химиотерапия[11] или други болестни процеси (инсулт, сепсис или травма).

Много проучвания доказват завишени нива на цир­кулиращи нуклеозоми при редица зло­­качествени заболявания, включително белодробен карцином, карцином на гърда и простатен карцином, в сравнение със здрави контроли[12,13]. Въпреки това при направени сравнения спрямо индивиди с голям брой доброкачествени заболявания, не се наблюдава статистически значима разлика в нуклеозомните нива, което намаля клиничната им полза в детекцията на солидни тумори.

Съществуват проучвания насочени към мониториране на измененията в циркулиращите нуклеозомни нива с цел наблюдение на туморен отговор, тъй като циркулиращите нуклеозоми се освобождават в резултат на лечение с цитотоксични медикаменти. Количественото определяне на нук­ле­озоми в циркулацията се използва като стратегия за отдиференцира­не на пациенти с по-лош или дори липсващ отговор към противотуморна системна терапия още в ранен етап на провежданото активно лечение. Това позволява адекватно модифициране на режима и намаляване на нежеланите лекарствени реакции в хода на лечението[14].

Проучване, насочено към търсене на потенциални биомаркери, определящи отговор към неоадювантна химиотерапия при карцином на гърда, съобщава по-високи нива на циркулиращи нуклеозоми преди започване на лечение при пациенти, при които не са наблюдава отговор към неоадювантна химиотерапия спрямо тези, при които има отговор от проведеното антитуморно лечение.

При авансирал карцином на бял дроб се наблюдават по-ниски нива на циркулиращи нуклеозоми преди започване на системна терапия при пациенти с по-добър отговор към лечението. След прилагане на първи цикъл, се докладва допълнително снижаване на стойностите (още по-чувствително при постигната пълна ремисия).

Скорошно проучване описва моде­ли­рането на терапията при пациенти с колоректален карцином и черно­дробни метастази, при които комбинирането на нивата на циркулиращи нуклеозоми (24 часа след радиотерапия) с претерапевтичните нива на CRP и ASAT подобряват прогностичния модел (сравнено спрямо само CRP и ASAT)[15]. Друго проучване показва, че при някои от пациентите се наблюдава значително нарастване на нуклеозомните нива 24 часа след проведена радиотерапия, което корелира с по-лош отговор и намалена преживяемост. Други източници съобщават, че при па­циенти с колоректален карцином в IV клиничен стадий се наблюдават по-високи нива на циркулиращи нуклеозоми.

Това твърдение подкрепя хипотезата за приложимостта на циркулиращите нуклеозоми като предиктивни и прогностични биомаркери.

Хистонови пост­транслационни модификации в нуклеозомите
Разнообразието и комплексността на хистоновите ПТМ (посттранслационни модификации) залягат в основата на създаването на „хипотезата за хистоновия код”, според която те представляват фундаментален, в някои случаи унаследен механизъм регулиращ хроматиновата организация. Този механизъм в доста случаи определя клетъчната съдба и възможните патологични отговори[16]. Хистоновите ПТМ биват ацетилиране, ме­ти­лиране, фосфорилиране, убиквитиниране, АДФ рибозилиране, биотинилиране, цитрулиниране, гликозилиране, SUMOлиране, изомеризиране на пролин и др.

Повечето ПТМ са ензимно-медиира­ни реакции. Известни са три основни категории ензими: записващи (Writers) – добавят модификации, заличаващи (Erasers) – премахват модификации[17] и разчитащи (Readers) – разчитат ПТМ по наличието на специфични домени[18]. Функцията на „Writers“ е свързана с разкъсване на интер- или интрануклеозомни връзки.

По този начин структурата на хроматина се „разхлабва” и става по-податлива на свързване, което от своя страна обуславя процесите на транскрипция и ДНК репарация. „Readers“ представляват нехистонови протеини, свързани с хроматина посредством домени, които разпознават специфични ПТМ. Тяхното включване към хроматина може да измени неговата структура или да задейства процесите на ДНК репарация, репликация и транскрипция. „Erasers“ – премахват предварително маркирани от „Writers“ участъци. На­пример деацетилирането може да про­мотира генно потискане или заглушаване чрез премахване на ацетиловия участък от хистоните, което води до хроматинова кондензация[19].

Характерен пример е ензимът лизин-специфична диметилаза 1 (LSD1), при който се наблюдава свръхекспресия в редица тумори. Инхибитори на LSD1 демонстрират потенциал като ново поколение таргетни антитуморни агенти[20]. Хистоновите ПТМ са динамични процеси, които са в непрекъсната кръстосана връзка помежду си[21], тъй като могат да корелират с транскрипционна активност. Понятието „хистонов код" се използва за свързване на ПТМ и хроматиновата организация в процеси на низходяща регулация и задействане на определен сигнален път, обуславящ раковия генотип. Множество вариации в структурата на хистоновите белтъчни молекули допринасят за многообразието на „хистоновия код”.

Методи за изучаване на хистоновите посттранслационни модификации
Широко приложение за изучаване на хистоновите ПТМ намират антитяло базираните методи като ELISA и Western Blot. Главно ограничение на тези техники са качеството и специфичността на използваните антитела, тъй като са възможни кръстосани реакции със сходни ПТМ с алтернативни локуси за свързване. При детекцията на ПТМ с Western Blot метода често се използват цели клетъчни лизати[22]. В някои случаи е необходимо хистоновите протеини да преминат през допълнителна обработка – обогатяване или пречистване.

Недостатък на този метод е липсата на количествена оценка, както и затрудненото раз­познаване на рекомбинантни про­­теини. Ензимно-свързаният имуно­сорбентен анализ (ELISA) е друг ан­ти­тяло базиран метод с ниска цена и лесна приложимост, който позволява количествена оценка на броя хистони в клетъчни лизати или телесни течности.

Хроматиновата имунопреципитация (ChIP) е метод, използващ специфични антитела. Методът позволява иден­тифициране на дадени геномни уча­стъци, които са обогатени за конкретни хистонови модификации и пос­ледващото им количествено определяне. Ако трябва да се анализират нивата на ПТМ на малко на брой локуси, се използва PCR в реално време, на голям брой локуси едновременно – Microarray базирани методи (ChIP-chip), а ChIP-seq позволя паралелното секвениране на милиони ДНК молекули в реално време.

Необходимо е да се отбележи, че обработката на пробите за тези анализи преминава през множес­тво стъпки, които повлияват възпро­изводството, точността и чувствителността на методите. От друга страна, използването на ChIP-chip и ChIP-seq позволява откриването на по-трудни за детекция хистонови мо­ди­фикации.

Друг съвременен метод, намиращ място в изследването на хистонови модификации, е мас спектрометрията. Той има доказана ефективност не само при откриването, но и при количественото определяне на ПТМ, както и на техните свързващи протеини[23]. Могат да бъдат използвани интактни хистони, хистонови опашки или по-къси фрагменти без това да повлиява надеждността на резултатите.

Голямото предимство на метода се определя от възможността за откриване на комбинирани ПТМ, които се формират едновременно в дадена молекула[24]. Техниката може да се използва още за анализ на динимиката в хистоновите модификации по време на клетъчния цикъл. Мас спектрометрията също демонстрира големи възможности за предоставяне на специфична и комплексна количествена характеристика на хистоновите ПТМ.

EpiTOF (Epigenetic Landscape Profiling Using Cytometry By Time-Of-Flight) е гъвкав метод, притежаващ способността за детекция на нивата хистонови ПТМ в отделни клетки на имунната система или в клетъчни суспензии, получени от солидни тъкани. Методът позволява откриване на хроматинова дисрегулация при множество патологични състояния.

Хистонови пост­транслационни модификации на циркулиращи нуклеозоми като биомаркери

Карцином на гърда

Карциномът на гърда е най-често сре­щаното злокачествено заболяване сред жените в световен мащаб. Установени са три имунохистохимични биомаркера: естроген рецеп­тор, прогестерон рецептор и HER 2 рецептор (човешки епидермален растежен фактор 2). В зависимост от тяхното присъствие или отсъствие, е съставена класификация, съдържаща четири подгрупи – луминален А, луминален Б, HER 2 позитивен и тройно негативен[25]. Подгруповото разпределение обуславя различна прогноза и терапевтичен подход[26]. Наблюдаваната хетерогенност, както между отделните групи, така и вътре в самата група, налага насоченото търсене на допълнителни нови и надеждни биомаркери[27].

Клинично изпитване, включващо 880 пациентки с карцином на гърда, доказва ниска експресия на H3K9ac, H3K18ac, H4K12ac, H3K4me2, H4K20me2 и H4R3me2, наблюдавана в подгрупи с по-лоша прогноза[28]. Завишените нива на ацетилиране и метилиране корелират с по-добра прогноза и се откриват почти изцяло само при луминални подтипове. H4K16ac притежава потенциал на биомаркер за ранна детекция, тъй като се демонстрират ниски до липсващи нива при мнозинството от карциноми на гърда. Скорошни данни сочат, че H4K12 хипоацетилиране може да има приложение като биомаркер за детекция на дуктален карцином in situ и инвазивен дуктален карцином[29].

Загубата на H4K20me3 корелира с по-лоша преживяемост и склонност към инвазиране. В подкрепа на това твърдение е фактът, че свръхекспресия на хистоновата метилтрансфераза SUV420H1 и SUV420H2, възстановява нивата на H4K20me3 и подтиска инвазията на малигнени клетки[30].

Ензимната активност на Writers и Erasers, които участват в пост­тра­нслационните модификации, също се свързва с карцинома на гърда. Хистоновата ацетилтрансфераза, която ацетилира H4K20, е със зна­чително по-ниска експресия в случаите с карцином на гърда и медулобластом[31]. LSD 1, която спада към групата на Erasers, е свръхекспресирана при карциноми, непритежаващи рецептори за естроген и е предиктор за агресивна биология[32].

Карцином на хранопровод
В САЩ отчетената 5-годишна обща преживяемост за карцином на хранопровода е едва 15%. До момента няма валидирани биомаркери за тази локализация. Ниската експресия на H3K18ac и H3K27me3 съответства на по-добра прогноза при плоскоклетъчен хистологичен вариант, най-вече в начални стадии[33]. Последващо по-задълбочено проучване сочи, че завишената експресия на H3K27me3 при пациенти претърпели дефинитивно химиолъчелечение, демонстрира позитивна корелация с размера на тумора и неговата степен на диференциация[34]. Това предполага, че нивата на H3K27me3 могат да служат за стратифициране на пациентски профил с по-добра прогноза, по-нисък риск от рецидив и далечно метастазиране. От друга страна, скорошно проучване сочи, че високата експресия на H3K79me2 при плоскоклетъчен карцином корелира със склонност към инвазия и по-лоша преживяемост.

Карцином на стомах
В САЩ 5-годишната обща преживяемост за карцином на стомаха е 29%. Карциноембрионален антиген (СЕА), карциномен антиген 19-9 (СА 19-9) и карциномен антиген 72-4 (СА72-4) имат потенциална роля като биомаркери, но не притежават нужната специфичност и точност за ранна диагностика и детекция на рецидив[35]. Те се използват най-вече за проследяване отговора към проведена терапия. Високата експресия на H3K9me3 значително корелира със завишена тъканна и лимфоваскуларна инвазия и определя по-високия риск от рецидив[36]. Съществуват данни, сочещи че свръхекспресията на H3K27me3 и EZH2 (Enhancer of zeste homolog 2) метилтрансфераза са независими прогностични фактори, определящи преживяемостта при карцином на стомах. Потенциалното им комбинирано използване би могло да обособи рискова група за развитие на метастатични лимфни възли[37].

Карцином на панкреас
При карцином на панкреас, където 5-годишната общапреживяемост е около 6%, карбохидратният антиген 19-9 (СА19-9) е настоящият златен стандарт за биомаркер. Недостатък на този маркер е, че той се използва единствено при проследяване на терапевтичен отговор. Скорошно шведско проучване изследва панел от 5 епигенетични биомаркера в циркулиращите нуклеозоми – нуклеозомно-асоциирана метилирана ДНК (5МС), H2A.Z, H2A.A, H3K4me2 и H2AK119Ub при пациенти с резектабилен карцином на панкреаса. Резултатите показват, че циркулиращите нуклеозоми превъзхождат като показател СА19-9 (в сравнение с доброкачествено панкреасно заболяване и здрави контроли). Комбинирането на четири от тези епигенетични биомаркери с туморния маркер СА19-9 показва чувствителност 92% и специфичност 90% при диагностициране на панкреасен карцином.

Колоректален карцином
Колоректалният карцином (КРК) е втората по честота причина за леталитет при пациентите с онкологични заболявания. Доказана про­г­ностична роля като биомаркери имат СЕА и микросателитната нестабилност (МSI). Мутации в KRAS (Kirsten Rat Sarcoma) се асоциират с по-лоша преживяемост[38]. Все още не съществува биомаркер, въз основата на който да бъдат отдиференцирани пациенти във II-ри клиничен стадий, показани за адювантна терапия, както и такъв с диагностична стойност. Завишените стойности на H3K9e3 в случаите на инвазивен КРК значително корелират с дисеминация на процеса в лимфни възли[39]. Според скорошни данни, промените в нивата на H3K9me3 отразяват прогресията от аденом в аденокарцином. В подкрепа на тази теза е фактът, че при аденоми експресията на H3K9me3 е завишена, докато при аденокарциноми нивата стават сигнификантно по-високи. H3K27me3 определя по-добрата обща преживяемост и по-дълъг период на ремисия[30]. Съществуват проучвания, които обследват прогностичната роля на различни комбинации от модификации в ранен стадий КРК. Например, комбинацията от ниска ядрена експресия на H3K4me3 и висока на H3K9me3 и H4K20me3, се асоциира с по-добра прогноза в I и II клиничен стадий[30].

Белодробен карцином
Белодробният карцином предизвиква повече от 1.2 млн. смъртни случая годишно. Лошата прогноза и високата смътност се определят главно от късното поставяне на диагнозата, което от своя страна налага разработването на нови прогностични биомаркери, характеризиращи туморната биология и определящи от­го­вора към даден терапевтичен подход на молекулярно ниво.

Проучване за прогностичната роля на H3K27me3 при недребноклетъчен белодробен карцином показва, че съществува ясна корелация между занижените нива и повишения риск от рецидив, както и по-кратката обща преживяемост, асоциирани с по-висока степен на инвазия и ниска степен на диференциация.
В допълнение, ниските нива на H3K4Me2 и H3K9Ac също корес­по­н­дират с по-лоша прогноза при недребноклетъчен белодробен кар­цином.

Заключение
Измерването на абсолютните нива на циркулиращи нуклеозоми и количественото определяне на хистонови ПТМ в тях, предоставя един изцяло иновативен, неинвазивен, ле­сно­достъпен и резултатен метод за ранна диагностика, мониторинг и лечение на злокачествени солидни тумори. Благодарение на съвременните методи, някои от които вече по-широко застъпени в клиничната практика, става възможно откриването и динамичното проследяване на специфични биомаркери, които са съставен компонент на един комплексен и адаптиран спрямо индивидуалните характеристики терапевтичен модел, основаващ се на медицина, базирана на доказателствата. n

книгопис:
1. Siegel, R., D. Naishadham, and A. Jemal, Cancer statistics, 2012. CA Cancer J Clin, 2012. 62(1): p. 10-29.
2. Peterson, C.L. and M.A. Laniel, Histones and histone modifications. Curr Biol, 2004. 14(14): p. R546-51.
3. Institute, N.C., Dictionary—Definition of Biomarker. accessed on 24 October 2016: https://www.cancer.gov/publications/dictionaries/cancer-terms?cdrid=45618.
4. McAnena, P., J.A. Brown, and M.J. Kerin, Circulating Nucleosomes and Nucleosome Modifications as Biomarkers in Cancer. Cancers (Basel), 2017. 9(1).
5. Lichtenstein, A.V., et al., Circulating nucleic acids and apoptosis. Ann N Y Acad Sci, 2001. 945: p. 239-49.
6. Jahr, S., et al., DNA fragments in the blood plasma of cancer patients: quantitations and evidence for their origin from apoptotic and necrotic cells. Cancer Res, 2001. 61(4): p. 1659-65.
7. Chan, K.C., et al., Molecular characterization of circulating EBV DNA in the plasma of nasopharyngeal carcinoma and lymphoma patients. Cancer Res, 2003. 63(9): p. 2028-32.
8. Holdenrieder, S., et al., Long-term stability of circulating nucleosomes in serum. Anticancer Res, 2010. 30(5): p. 1613-5.
9. Snyder, M.W., et al., Cell-free DNA Comprises an In Vivo Nucleosome Footprint that Informs Its Tissues-Of-Origin. Cell, 2016. 164(1-2): p. 57-68.
10. Schwarzenbach, H., D.S. Hoon, and K. Pantel, Cell-free nucleic acids as biomarkers in cancer patients. Nat Rev Cancer, 2011. 11(6): p. 426-37.
11. Holdenrieder, S., et al., Clinical relevance of circulating nucleosomes in cancer. Ann N Y Acad Sci, 2008. 1137: p. 180-9.
12. Holdenrieder, S., et al., Nucleosomes in serum of patients with benign and malignant diseases. Int J Cancer, 2001. 95(2): p. 114-20.
13. Kuroi, K., C. Tanaka, and M. Toi, Plasma Nucleosome Levels in Node-Negative Breast Cancer Patients. Breast Cancer, 1999. 6(4): p. 361-364.
14. Stoetzer, O.J., et al., Prediction of response to neoadjuvant chemotherapy in breast cancer patients by circulating apoptotic biomarkers nucleosomes, DNAse, cytokeratin-18 fragments and survivin. Cancer Lett, 2013. 336(1): p. 140-8.
15. Fahmueller, Y.N., et al., Predictive and prognostic value of circulating nucleosomes and serum biomarkers in patients with metastasized colorectal cancer undergoing Selective Internal Radiation Therapy. BMC Cancer, 2012. 12: p. 5.
16. Jenuwein, T. and C.D. Allis, Translating the histone code. Science, 2001. 293(5532): p. 1074-80.
17. Haberland, M., R.L. Montgomery, and E.N. Olson, The many roles of histone deacetylases in development and physiology: implications for disease and therapy. Nat Rev Genet, 2009. 10(1): p. 32-42.
18. Yun, M., et al., Readers of histone modifications. Cell Res, 2011. 21(4): p. 564-78.
19. Marmorstein, R., Structure of histone deacetylases: insights into substrate recognition and catalysis. Structure, 2001. 9(12): p. 1127-33.
20. Zheng, Y.C., et al., A Systematic Review of Histone Lysine-Specific Demethylase 1 and Its Inhibitors. Med Res Rev, 2015. 35(5): p. 1032-71.
21. Chandrasekharan, M.B., F. Huang, and Z.W. Sun, Histone H2B ubiquitination and beyond: Regulation of nucleosome stability, chromatin dynamics and the trans-histone H3 methylation. Epigenetics, 2010. 5(6): p. 460-8.
22. Rossmann, M.P. and B. Stillman, Immunoblotting histones from yeast whole-cell protein extracts. Cold Spring Harb Protoc, 2013. 2013(7): p. 625-30.
23. Freitas, M.A., A.R. Sklenar, and M.R. Parthun, Application of mass spectrometry to the identification and quantification of histone post-translational modifications. J Cell Biochem, 2004. 92(4): p. 691-700.
24. Onder, O., et al., Progress in epigenetic histone modification analysis by mass spectrometry for clinical investigations. Expert Rev Proteomics, 2015. 12(5): p. 499-517.
25. Cancer Genome Atlas, N., Comprehensive molecular portraits of human breast tumours. Nature, 2012. 490(7418): p. 61-70.
26. Sorlie, T., et al., Gene expression patterns of breast carcinomas distinguish tumor subclasses with clinical implications. Proc Natl Acad Sci U S A, 2001. 98(19): p. 10869-74.
27. Polyak, K., Heterogeneity in breast cancer. J Clin Invest, 2011. 121(10): p. 3786-8.
28. Elsheikh, S.E., et al., Global histone modifications in breast cancer correlate with tumor phenotypes, prognostic factors, and patient outcome. Cancer Res, 2009. 69(9): p. 3802-9.
29. Suzuki, J., et al., Protein acetylation and histone deacetylase expression associated with malignant breast cancer progression. Clin Cancer Res, 2009. 15(9): p. 3163-71.
30. Benard, A., et al., Prognostic value of polycomb proteins EZH2, BMI1 and SUZ12 and histone modification H3K27me3 in colorectal cancer. PLoS One, 2014. 9(9): p. e108265.
31. Pfister, S., et al., The histone acetyltransferase hMOF is frequently downregulated in primary breast carcinoma and medulloblastoma and constitutes a biomarker for clinical outcome in medulloblastoma. Int J Cancer, 2008. 122(6): p. 1207-13.
32. Lim, S., et al., Lysine-specific demethylase 1 (LSD1) is highly expressed in ER-negative breast cancers and a biomarker predicting aggressive biology. Carcinogenesis, 2010. 31(3): p. 512-20.
33. Tzao, C., et al., Prognostic significance of global histone modifications in resected squamous cell carcinoma of the esophagus. Mod Pathol, 2009. 22(2): p. 252-60.
34. He, L.R., et al., Prognostic impact of H3K27me3 expression on locoregional progression after chemoradiotherapy in esophageal squamous cell carcinoma. BMC Cancer, 2009. 9: p. 461.
35. Shimada, H., et al., Clinical significance of serum tumor markers for gastric cancer: a systematic review of literature by the Task Force of the Japanese Gastric Cancer Association. Gastric Cancer, 2014. 17(1): p. 26-33.
36. Park, Y.S., et al., The global histone modification pattern correlates with cancer recurrence and overall survival in gastric adenocarcinoma. Ann Surg Oncol, 2008. 15(7): p. 1968-76.
37. He, L.J., et al., Prognostic significance of overexpression of EZH2 and H3k27me3 proteins in gastric cancer. Asian Pac J Cancer Prev, 2012. 13(7): p. 3173-8.
38. Phipps, A.I., et al., KRAS-mutation status in relation to colorectal cancer survival: the joint impact of correlated tumour markers. Br J Cancer, 2013. 108(8): p. 1757-64.
39. Yokoyama, Y., et al., Cancer-associated upregulation of histone H3 lysine 9 trimethylation promotes cell motility in vitro and drives tumor formation in vivo. Cancer Sci, 2013. 104(7): p. 889-95.